Инновационный заказ - это когда, финансируя исследования, сразу думают о том, какую они принесут прибыль, экономический эффект. Корпорации склонны скорее финансировать исследования, у которых проглядывается быстрое внедрение. Государство иногда финансирует долговременные направления, подразумевая, что они в конечном итоге улучшат экономическое состояние общества в целом. Это всё - инновационный заказ. Вот здесь про него хорошо расписано: http://www.sciencemag.org/content/342/6160/817.full

А военный заказ - это когда никто про прибыль (при выделении финансирования) не думает, а думает про оружие, чтобы от врагов защищаться (или нападать). Потом, рано или поздно, многие эти разработки могут и в гражданку пойти. Но мы же исследуем не то, что потом (через 20-30 лет, условно) происходит. А про то, с какой мотивацией деньги выделяются.

А для выделения денег, как мы пишем, бывает три мотивации. Либо чтобы ещё больше денег заработать. Либо чтобы от врагов защищаться ("выживание", не обязательно физическое - выживание государства, власти, политической системы.. а иногда и физическое). Либо статус, "понты". "Чтоб не хуже, чем у людей".